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III. Morphologie et anatomie des lichens
Les morphologies lichéniques sont très variées et ne sont pas liées à la classification phylogénétique des lichens. L’ensemble des structures susceptibles d’être rencontrées chez les lichens pour faciliter leur détermination sont décrites ici.
1. Structure du thalle
a. Organes de surface
Outres les organes de reproduction, maintes structures sont présentes à la surface des thalles, ayant des rôles importants dans la fixation ou dans les échanges aqueux et gazeux avec le milieu. Ainsi, en face supérieure, nous pouvons y trouver :
- des poils : couches cellulaires uniques (donc peu visibles à l’œil nu) ; ils peuvent former un duvet (tomentum),
- des cils : couches cellulaires multiples (visibles à l’œil nu) ; ils sonts présents à la surface ou en bordure du thalle et sont généralement plus sombres que celui-ci,
- des fibrilles : cils de même couleur que le thalle possédant un cordon axial,
- des papilles : minuscules excroissances du cortex de forme conique plus hautes que larges,
- des nodules : excroissances d’hyphes médullaires de forme conique plus larges que hautes pouvant donner naissance à des soralies, 
- des céphalodies : galles d'algues formées de cyanobactéries sur les chlorolichens.

Sur la face inférieure du thalle, on peut retrouver :
- les cyphelles : petites dépressions recouvertes de cortex inférieur plus lâche,
- les pseudocyphelles : petites dépressions sans limitation par un cortex de protection, laissant apparaître directement la médulle,
- les rhizines : petits filaments de formes variées ayant un rôle dans la fixation du thalle au substrat,
- le tomentum : duvet dense de fins filaments ramifiés,
- les veines : saillies plus ou moins allongées en réseaux.
b. Anatomie du thalle
Les thalles lichéniques décrivent deux grands types de structures anatomiques distincts basés sur l’organisation interne des deux partenaires, sans lien avec la taxonomie. La structure homéomère ne présente aucune organisation particulière : les cellules algales et mycéliennes sont réparties de façon homogène dans l’épaisseur du thalle, mêlées les unes aux autres. En revanche, lorsqu’une organisation interne permet de différencier des couches cellulaires, on parle de structure hétéromère. Dans ce cas, on peut différencier :
- un cortex supérieur de protection constitué d’hyphes et contenant les pigments lichéniques,
- une couche algale dans la zone la plus éclairée, hyphes moins abondants,
- une médulle constituée d’un lâche réseau d’hyphes, « squelette interne » du thalle,
- un cortex inférieur formé d’un réseau très dense d’hyphes pouvant établir des rhizines.
On distingue la structure hétéromère stratifiée de la structure hétéromère radiée selon la présence ou non d’un axe de symétrie. Dans le cas d’une structure radiée, un éventuel réseau dense d’hyphes parallèle à l’axe du thalle peut former un cordon axial rigide.
2. Différentes morphologies de thalles
Différentes morphologies de thalles sont observables chez les lichens, influencées par le partenaire fongique (Figure 3). Les six principales formes rencontrées sont décrites dans les sections suivantes.
Figure 3. Principales morphologies de thalles lichéniques : 
a. crustacé, b. foliacé, c. fruticuleux et d. complexe

a. Thalles crustacés
Les lichens crustacés sont semblables à des croûtes plus ou moins continues. Ils peuvent être lobés au pourtour et sont souvent fendillés jusqu’à former un réel réseau. Selon leur taille, on distingue :
- les thalles aréolés : compartiments supérieurs à 1,5 mm de large,
- les thalles verruqueux : compartiments entre 0,5 et 1,5 mm de large,
- les thalles granuleux : compartiments entre 0,2 et 0,5 mm de large,
- les thalles lépreux : compartiments entre 0,1 et 0,2 mm de large.

Les limites du thalle peuvent être très nettement marquées par une ligne de diverses couleurs : l’hypothalle. Ces lichens sont fortement adhérents au substrat (roches, terre ou écorces) et croissent sur (épisubstratique) ou dans (endosubstratique) le substrat. Ils représentent 4/5 du nombre total d’espèces lichéniques.
b. Thalles foliacés
Les lichens foliacés présentent une morphologie en forme de feuilles plus ou moins lobées au pourtour. Leur fixation au substrat peut se faire par d’un point d’ancrage unique (ombiliqué) ou par plusieurs points d’attache via des rhizines. Les thalles ombiliqués peuvent être monophylles (présence d’une feuille unique) ou polyphylles (plusieurs feuilles). Leur structure anatomique est exclusivement stratifiée.
c. Thalles fruticuleux
Les lichens fruticuleux forment des lanières (plates ou cannelées) ou des tiges plus ou moins ramifiées. Ils sont pendants ou dressés, fixés aux arbres et arbustes par un point unique. Leur structure anatomique est stratifiée ou radiée plus ou moins cylindrique.
d. Thalles complexes
Les thalles complexes, appelés également thalles composites, sont formés d'un thalle primaire plus ou moins adhérent au substrat (crustacé, foliacé ou squamuleux) et d'un thalle secondaire fruticuleux à développement secondaire dressé sur le thalle primaire. Ce thalle secondaire est constitué de podétions, creux, cortiqués et parfois ramifiés, se développant à la base des apothécies (e.g. Cladonia). Dans certains cas, ces structures ne sont buissonnantes, non creuses et recouvertes de granules ou de squamules : ce sont des pseudo-podétions (e.g. Stereocaulon). La diversité des structures de thalles implique une diversité dans la morphologie entre un thalle primaire hétéromère stratifié et le thalle secondaire hétéromère radié.
e. Thalles squamuleux
Le terme « squamuleux » fait référence aux squamules, écailles de plus de 1,5 mm constituant le thalle. Elles sont plus ou moins imbriquées les unes aux autres et peuvent être fortement fixées sur le substrat.
f. Thalles gélatineux
Les lichens gélatineux possèdent une structure interne homéomère dont le partenaire algal est une cyanobactérie. Ils peuvent présenter diverses formes (glomérules, minuscules touffes ou lames foliacées) semblables aux colonies cyanobactériennes de type Nostoc. À l’état sec, ils ne sont pas très visibles (noirâtres et racornis) avec une forte capacité de reviviscence. À l’état humide, ils forment des masses lobées vert glauque.