Les lichens peuvent coloniser tout type de milieu. On leur attribue même souvent un rôle pionnier dans la mise en place d’écosystèmes de plus en plus complexes à travers l’altération de la roche mère (action physique des rhizines et production d’acides lichéniques). Malgré leur forte plasticité, les espèces de lichens sont caractéristiques de conditions environnementales et biologiques particulières. En dehors des facteurs abiotiques précédemment évoqués, les interactions entre espèces (lichéniques ou autres) agissent comme des éléments supplémentaires à prendre en compte dans la répartition et la formation de cortèges lichéniques : compétition, mutualisme…
À l’échelle mondiale, on distingue régulièrement les cortèges holarctique (régions nordiques, arctiques et méditerranéennes avec une flore très homogène), tropical (grande richesse de lichens à Trentepohlia) et antarctique (fort endémisme). Au niveau de l’Europe occidentale, on peut noter l’existence de cinq grands cortèges floristiques caractéristiques :
- le cortège holarctique : regroupant des espèces à large distribution spatiale, caractéristiques du fond commun de l’Europe occidentale (espèces cosmopolites et peu exigeantes),
- le cortège atlantique : incluant des espèces dépendant d’une certaine pluviométrie, essentiellement typiques de la façade occidentale ; la France présente une large distribution de ce type,
- le cortège médio-européen : présentant un enrichissement du genre Cladonia caractéristique de l’Europe centrale,
- le cortège méditerranéen : regroupant des espèces à tendance calcicoles, accompagnant plus ou moins l’air du chêne vert,
- le cortège alpin : caractéristique des massifs montagneux ; au-delà de 3 000 m, les lichens sont quasiment les seules espèces présentes.
À plus grande échelle, les lichens constituent des paysages à eux seuls. On distingue alors des groupements selon la nature du substrat colonisé (épiphytes, rupicoles, terricoles, humicoles ou aquatiques), ce qui permet de décrire des cortèges en fonction des conditions environnementales. Par exemple, les espèces épiphytes ne seront pas identiques selon le type d’écorce (rugueuse ou lisse) ou l’emplacement sur l’arbre (tronc, branche, houppier, souche…). De la même façon, les groupements de lichens se développant sur sol vont être adaptés à la nature chimique du sol (pH, calcaire, type d’humus…) : on ne retrouvera donc pas les mêmes cortèges lichéniques selon le type de sol.